Markotabödöge területén már a kőkorszakban is éltek emberek. Az Árpádkoritérképen is különálló helyként szerepel Markota, illetve Bedegh község. Markota lakott helyen, Bedegh pedig gyéren lakott helyen van feltüntetve.

Bödögét 1161-ben III. István király Nyáry Lőrincnek adta Bedegh néven, innen kapta a család a bedeghi nemesi előnevet. Markota 1222-ben Péter ispán birtokában volt. Hosszas csatározások után a két község a győri Székeskáptalan birtokába került. A török dúlás után a káptalan felhívást bocsátott ki Markota betelepítésére.  A két falut 1610-ben egyesítik Markota és Bedege néven. 1683-ban a Bécs alá vonuló török csapatok pusztították, rabolták ki a falut. A kuruc háború után békésebb idők következtek. Az 1720-as évben a község lakóinak száma: 152.  Bödögén volt egy kerek templom (rotunda) az Árpád korból. Körülötte temetkeztek. Az 1848-49-es szabadságharcban 8 honvéd harcolt az egyesített községből. Az első világháborúban 200-an vonultak hadba, közülük hősi halált haltak 44-en. Ezekben az években a község lakóinak száma már az 1400-at is meghaladta. A káptalani cselédség átlag családja 1 szobában élt és 2 családra jutott egy közös konyha. A jómódú gazdák arra törekedtek, hogy több földet szerezzenek. A Székeskáptalan uradalma 400 holdjával 25 családnak nyújtott szűkös megélhetést. 1944-ben a falut kétszer bombatámadás érte, halálos áldozatai is voltak. A második világháború hősi halottainak és áldozatainak száma 50 fő. Sokan csak évek múlva kerültek haza a hadifogságból.

1945-ben megalakult a Községi Nemzeti Bizottság, valamint a földosztó bizottság. Kiosztásra került a Székeskáptalan birtokából 382 kh, 181 földigénylő kapott földet. A volt gazdasági cselédek, agrárproletárok, kisparasztok nehéz körülmények között kezdtek hozzá a gazdálkodáshoz. 1948-ban megalakult az első termelőszövetkezet 10 taggal. 1956 októberében tüntetéssel fejezték ki együttérzésüket a Budapesten harcolókkal. A forradalom leverése után 120 fiatal külföldre emigrált.  1969-ben a község gazdálkodóit újra tsz-be kényszerítették. Ennek következtében sokan kerestek munkát a közeli városokban. 1973-ban a községet közigazgatásilag Kóny községhez csatolják. Ez visszavetette a falu fejlődését.   

Markotabödöge önálló község, Győr-Moson-Sopron megye északnyugati részén, a Tóközben fekszik, közel a Hansághoz.

A település infrastruktúrával jól ellátott: a szennyvízcsatorna kivételével minden infrastruktúra (vezetékes ivóvíz, telefon, vezetékes földgáz) kiépült.

 1990-ben megalakult a község önkormányzata, Markotabödöge ismét önálló lett.

Alsó tagozatos általános iskola megszűnt, de a napközi otthonos óvoda jelenleg is működik a községben. Jelenleg kevés a munkalehetőség, a lakosság nagyobb hányada Győr üzemeiben dolgozik. Jövedelmüket málna- és uborkatermesztéssel igyekeznek kielégíteni. Számottevő az egyéni állatállomány, noha mára már ez is csökkenőben van.

A népesség számának alakulását az be- és kivándorlás, valamint a természetes szaporodás egyenlege befolyásolja, amely 1975-től folyamatosan csökkenést mutat... A falu jelképei: címere és zászlaja.       Címer: Az első mezőben látható búzakalászok a sarlóval és az M B betűkkel arról a pecsétről származnak, amelyet egy 1785-ben keletkezett nemesi közgyűlés jegyzőkönyvén találtak. A második mezőben levő latin kereszt a lakosság katolikus mivoltát jelképezi. Az ezüst hullámos pólya a településen keresztül folyó Keszeg-ér jelképe. Az alsó vörös mezőben pedig az egykori körtemplomra emlékeztető ábra szerepel. A korona csak dísz.

 Intézmények:

Védőnői Szolgálat

Civil szervezetek:

Tűzoltó Egyesület

Sportegyesület

Őszirózsa Nyugdíjas Klub

Együtt Markotabödögéért Egyesület